Köklü bir tarihe sahip olan İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nin ilk kuruluşu Dâru’l-ünun bünyesinde gerçekleşmiştir. Dâru’l-fünun’un açılması için ilk çalışmalar 1846 yılında başlamış 1863, 1870 ve 1874’de bazı teşebbüsler olmuşsa da bu müessese Dâru’l-fünun-ı Şahane ismiyle II.Abdülhamit Han’ın saltanatında 30 Ağustos 1900 tarihinde kurulmuştur. Kurulan bu Dâru’l-fünun’un bünyesinde Ulum-ı Şeriyye Şubesi (Fakültesi) de yer almaktaydı. Bu şube birtakım değişikliklere uğramakla birlikte 1914 yılına kadar açık kalmıştır.
1914 yılında tüm İstanbul medreseleri Dâru’l-Hilâfeti’l-Aliyye Medreseleri adı altında bir tek medreseye dönüştürülmüştür. Bu çerçevede Ulûm-ı Şer’iyye Şubesi ilga edilmiş, mevcut öğrenciler Dârulhilâfe Medresesi Kısm-ı Âlîsi’ne devredilmiştir. Kısa bir süre sonra medreselerle ilgili yeni bir düzenleme yapılmış ve Süleymaniye Medresesi açılmıştır. Bir yüksek medrese mahiyetinde olan Süleymaniye Medresesi bünyesinde Felsefe-Tasavvuf, Tefsir-Hadis ve Fıkıh’tan oluşan üç şube bulunuyordu. Ancak daha sonra bunların tümü kapatılarak, öğrencileri yeni açılan İstanbul Dârülfünûnu İlahiyat Fakültesi'ne devredilmiştir.

İstanbul Dârülfünûnu 1 Nisan 1924 tarihinde 493 nolu yasa ile Tıp, Hukuk, Fen, Edebiyat ve İlahiyat olmak üzere beş fakülteden ibaret bir üniversite olarak kurulmuştur. Eğitim süresi üç yıl olarak belirlenen İlahiyat Fakültesi, aynı yılın Mayıs ayında açılmıştır. 3 Mart 1924 tarihinde çıkarılan 430 sayılı Tevhid-ı Tedrisat Kanunu’nun akabinde Maarif Vekaleti’nin kararı ile medreseler kapatıldı. Süleymaniye Medresesi’nde öğrenci iken bu müessesenin lağvedilmesiyle açıkta kalan öğrenciler Dârülfünûn İlahiyat Fakültesi’ne devredilmişlerdir. Ayrıca yüksek mekteplerden mezun olanlar, resmî veya hususî tam dereceli lise mezunları, kapatılmış olan Sahn ve İptida-i Dâhil medreselerini ikmal edenler, İmam-Hatip mekteplerinden lise derecesi ile mezun olanlar da buraya kayıt yaptırabiliyorlardı. Ancak lise mezunları Arapça ve Farsçadan imtihan edildikten sonra Fakülteye alınıyorlardı.
Tevhid-ı Tedrisat Kanununun 4. maddesinde şöyle deniyordu: “Maarif Vekâleti, yüksek dîniyât mütehassısları yetiştirmek üzere Dârülfünûn’da bir İlahiyat Fakültesi tesis ve imamet ve hitabet gibi dînî hizmetlerin ifası vazifesiyle mükellef memurların yetişmesi için de ayrı mektepler küşad edecektir.” (Zabıt Ceridesi, cild 7, sh. 26-29, Kanun numarası 430, 3 Mart 1340/1924). Bu kanunda geçen “ilahiyat” ismi ilk defa bir yükseköğretim kurumunun adı olarak zikredilmiştir. Dârülfünûn bünyesinde bulunan ilk beş fakülteden biri olan İlahiyat Fakültesi ile yeni bir yüksek din öğretimi kurumu eğitim tarihimizde yerini almıştır.
Fakültede Tefsir ve Tefsir Tarihi, Hadis ve Hadis Tarihi, Fıkıh Tarihi gibi temel dînî dersler başta olmak üzere İçtimaiyât, Ahlâk, Dîn-i İslam Tarihi, Arap Edebiyatı, Felsefe-i Din, Kelâm Tarihi, İslam Feylesofları, Tasavvuf Tarihi, Felsefe Tarihi, İslam Bediiyatı, Hâlihazırda İslam Mezhepleri, Akvâm-ı İslamiyye Etnografyası, Türk Tarih-i Dînîsi, Tarih-i Edyân dersleri de okutuluyordu. Ayrıca Arapça, Farsça, Fransızca da okutulan dersler arasındaydı.
İlahiyat Fakültesi kurulduğu tarihten itibaren 1933 yılına kadar aralıksız sekiz yıl eğitim-öğretime devam etmiştir. İsviçre’den getirilen Prof. Albert Malche’nin hazırladığı rapor üzerine Hükümetin çıkardığı 31 Mayıs 1933 tarih ve 2252 nolu kanun ile Dârülfünûn ve bağlı fakülteler 31 Temmuz 1933 tarihinde kapatılmıştır. Böylece Dârülfünûn’un bünyesinde yer alan İlahiyat Fakültesi de kapanmış oldu. Üniversitenin kapatılması için birçok gerekçeler ileri sürülmüştür. İlahiyat Fakültesinin kapatılma gerekçesi olarak mezunlarına bir meslek ve maişet vasıtası sunulamadığı için devam eden öğrencinin olmaması gösterilmiştir. Üniversitenin kapatılmasıyla diğer bazı öğretim üyeleri gibi, İlahiyat Fakültesi’nin hocalarının bir kısmı da açıkta kalmıştır.
Kapatılan Dârülfünûn’un yerine 1 Ağustos 1933 tarihinde İstanbul Üniversitesi kurulmuş, ancak bu yeni Üniversite’de İlahiyat Fakültesi’ne yer verilmemişti. Bunun yerine Edebiyat Fakültesi içinde İslam Tetkikleri Enstitüsü kurularak, müdürlüğüne M. Şerafettin Yaltkaya getirilmişti. İlahiyat Fakültesi’nde görev yapan öğretim üyelerinin bir kısmı ve kayıtlı olan öğrenciler de buraya nakledildi. Ne var ki adı geçen Enstitünün statüsü ve konumu belli olmadığı için buraya yeni öğrenci alınmadı. Görevli öğretim üyelerinden ölenlerin veya emekliye ayrılanların yerine yenileri atanmadığından Enstitü 1941 yılında kapanmıştır. Oysa Malche'nin hazırladığı raporda, İlahiyat Fakültesi’nin, İslam Tarihi, Felsefesi ve Dini kürsüsü olarak Edebiyat Fakültesi’ne bağlanması öngörülmüştü. Şayet raporun gereği yapılsaydı İlahiyat Fakültesi, Edebiyat Fakültesi bünyesinde faaliyetine devam edebilecekti.
İstanbul Dârülfünûn İlahiyat Fakültesi eğitim-öğretim verdiği sekiz yıllık süre içerisinde çok önemli ilmî faaliyetler icra etmiştir. Fakültenin mecmuasında ilahiyat alanında yayınlanan makaleler ve fakülte hocalarının neşrettiği kitaplar, alana oldukça önemli katkılar sağlamıştır. Büyük tepki ve tenkitlere maruz kalan Dinde Reform Projesi de Fakülte adına yapılan çalışmalardan biridir. Proje dönemin gazetelerinde geniş bir şekilde yer almıştır.

İstanbul Üniversitesi, tarihî misyonuna uygun olarak ülkemiz insanına eğitim-öğretim alanında büyük hizmet vermiş, insanların ufkunu aydınlatmıştır. Daha önceki dönemlerde olduğu gibi, son hâliyle kurulduğu 1933 yılından günümüze kadar pek çok alanda ülkemizin ihtiyaç duyduğu nitelikli eleman ve ilim adamlarını yetiştirmeye devam etmektedir. Ancak, mazisinde olmasına rağmen, son hâliyle kurulduğunda bünyesinde İlahiyat Fakültesinin yer almamış olması büyük bir eksiklikti. İstanbul Üniversitesi diğer alanlarda olduğu gibi, İlahiyat alanında da iyi bir eğitim-öğretim hizmeti vermeli, dinî hayatımıza zenginlik ve derinlik katmalıydı.
İstanbul Üniversitesinde İlahiyat Fakültesi’nin olmayışı, tarihi geçmişi açısından da uygun değildi. Zira Üniversitenin temelini oluşturan ve ona kaynaklık yapan tüm medrese ve Dârülfünûnlarda, İlahiyat Fakültesi daima vazgeçilmez bir şube olarak yer almıştır. Bu eksikliğin giderilmesi için bazı girişimlerde bulunulmuş, ancak Üniversitenin bünyesinde bir İlahiyat Fakültesinin kurulması mümkün olmamıştı.
1992 yılında İstanbul Üniversitesi’ne bağlı bir İlahiyat Fakültesi kurmaya karar vermiştir. Bu amaçla Yüksek Öğretim Kurumları Teşkilatı Hakkında 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamenin Değiştirilerek Kabulüne Dair 2809 Sayılı Kanun ile 78 ve 190 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılması Hakkındaki Kanununun 4. maddesinde değişiklik yapılmıştır. 03.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanun ile yapılan bu değişiklik sonucu İstanbul Üniversitesinde İlahiyat Fakültesi kurulmuş oldu. 1996 yılında eğitime başlayan Fakülte 2000 yılında ilk mezunlarını vermiştir.
Fakültenin kurulduğu dönemde hususi bir binası olmadığı için, muhtelif mekânlarda zorlukla eğitim-öğretim yapılıyordu. Bunun için Fatih/Horhor’da bulunan Filim Merkezi binasının yanındaki arsa ve metruk binalar Fakülteye tahsis edilerek, 20.08.1998 tarihinde dönemin Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel’in de katıldığı bir törenle Fakülte binasının temeli atılmıştır. Bu arada Fakülte mekân sıkıntısı sebebiyle 2000 yılında geçici olarak Şirinevler’e taşınmış ve 2005 yılının sonuna kadar burada eğitim-öğretime devam etmiştir. 2006 yılında Fatih/Horhor’daki yeni yerine taşınmıştır. O tarihten bu yana Fatih’te tarih ve kültür bakımından zengin bir mekânda, İstanbul’un en önemli cami ve kütüphanelerinin ortasında, güçlü öğretim üyesi kadrosuyla eğitim-öğretim faaliyetlerine ve çeşitli etkinliklerle halkımızı din konusunda aydınlatmaya devam etmektedir.