Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Enstitüsü	Aziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü
Deniz Bilimleri ve İşletmeciliği Enstitüsü	Fen Bilimleri Enstitüsü
     Havacılık Psikolojisi Enstitüsü	İşletme İktisadı Enstitüsü
Muhasebe Enstitüsü	Onkoloji Enstitüsü
Sağlık Bilimleri Enstitüsü	Sosyal Bilimler Enstitüsü
Türkiyat Araştırmaları Enstitüsü	Çocuk Sağlığı Enstitüsü

 Devlet Konservatuvarı

 Yabancı Diller Yüksekokulu

Rektörlüğe Bağlı Merkezler

1.  Afrika Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi
2.  Avrupa Birliği Uygulama ve Araştırma Merkezi
3.  Bilgisayar Bilimleri Uygulama ve Araştırma Merkezi
4.  Biyoteknoloji ve Genetik Mühendisliği Uygulama ve Araştırma Merkezi
5.  Çocuk Eğitimi Uygulama ve Araştırma Merkezi
6.  Çocuk Koruma Uygulama ve Araştırma Merkezi
7.  Dil Merkezi
8.  Dini Musiki Uygulama ve Araştırma Merkezi
9.  Diyabet Uygulama ve Araştırma Merkezi
10.  Doğal Kaynaklardan İlaç Geliştirme Uygulama ve Araştırma Merkezi
11.  Doğal Zenginlikleri Araştırma ve Uygulama Merkezi
12.  Ekonomi Politikaları Uygulama ve Araştırma Merkezi
13.  Enez Bölgesi Arkeoloji Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi
14.  Engelliler Uygulama ve Araştırma Merkezi
15.  Epilepsi Uygulama ve Araştırma Merkezi
16.  Farabi Avrasya Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi
17.  Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar Ve Biyoteknolojileri Uygulama ve Araştırma Merkezi
18.  Göç ve Göçmen Politikaları Uygulama ve Araştırma Merkezi
19.  Gözlemevi Uygulama ve Araştırma Merkezi
20.  Haldun Taner Tiyatro Uygulama ve Araştırma Merkezi
21.  Hepatopankreatobiliyer Sistem Hastalıkları Uygulama ve Araştırma Merkezi
22.  İlaç Uygulama ve Araştırma Merkezi
23.  İnsan Hakları  Hukuku Uygulama ve  Araştırma Merkezi
24.  İslam Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi
25.  İslam İktisadı ve Finansı Uygulama ve Araştırma Merkezi
26.  İstatistik Uygulama ve Araştırma Merkezi
27.  Kadın Sorunları Uygulama ve Araştırma Merkezi
28.  Kariyer Geliştirme Uygulama ve Araştırma Merkezi
29.  Kitlesel Fonlama Uygulama ve Araştırma Merkezi
30.  Klinik Araştırmalar Mükemmeliyet Uygulama ve Araştırma Merkezi
31.  Küresel Siyaset ve Yönetim Uygulama ve Araştırma Merkezi
32.  Mantık Uygulama ve Araştırma Merkezi
33.  Müze ve Kültür Miraslarının Yönetimi Uygulama ve Araştırma Merkezi
34.  Osmanlı Dönemi Müziği Uygulama ve Araştırma Merkezi
35.  Osmanlı Arşivi Uygulama ve Araştırma Merkezi
36.  Sadri Maksudi Arsal Hukuk Tarihi Uygulama ve Araştırma Merkezi
37.  Sermaye Piyasaları Araştırma ve Uygulama Merkezi
38.  Sosyal Sorumluluk Araştırma ve Uygulama Merkezi
39.  Stratejik Araştırmalar Merkezi
40.  Sürekli Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi
41.  Sürekli Tıp Eğitimi Araştırma ve Uygulama Merkezi
42.  Şehir Politikaları Uygulama ve Araştırma Merkezi
43.  Teknoloji Transfer Uygulama ve Araştırma Merkezi
44.  Toplum Hekimliği Uygulama ve Araştırma Merkezi
45.  Tüketici Davranışları ve Davranışsal İktisat Uygulama Ve Araştırma Merkezi
46.  Türk Halkbilimi Uygulama ve Araştırma Merkezi
47.  Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi
48.  Yaşam Boyu Dayanışma Uygulama ve Araştırma Merkezi
49.  Yeşilay Bağımlılık Uygulama ve Araştırma Merkezi
    

İstanbul Tıp Fakültesi’ne Bağlı Merkezler

1.  Lepra ve Zührevi Hastalıklar Araştırma ve Uygulama Merkezi
2.  Mikroorganizma Kültür Kolleksiyonları Araştırma ve Uygulama Merkezi

Hukuk Fakültesi’ne Bağlı Merkezler

1.  Avrupa Hukuku Araştırma ve Uygulama Merkezi
2.  Ceza Hukuku ve Kriminoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi
3.  İş Hukuku ve Sosyal Güvenlik Araştırma ve Uygulama Merkezi
4.  Milletlerarası Hukuk ve Milletlerarası Münasebetler Araştırma ve Uygulama Merkezi
5.  Mukayeseli Hukuk Araştırma ve Uygulama Merkezi
6.  Ord. Prof. Dr. Sıddık Sami Onar İdare Hukuku Araştırma ve Uygulama Merkezi

Edebiyat Fakültesi’ne Bağlı Merkezler

1.  Antalya Bölgesi Arkeoloji ve Araştırma Merkezi
2.  Güney Doğu Avrupa Araştırmaları Merkezi
3.  Sanat Tarihi Araştırma Merkezi
4.  Sosyoloji Araştırma Merkezi
5.  Şarkiyat Araştırma Merkezi
6.  Tarih Araştırmaları Merkezi
7.  Van Bölgesi Tarih ve Arkeoloji Araştırma Merkezi

İktisat Fakültesi’ne Bağlı Merkezler

1.  Bankacılık Araştırma Merkezi
2.  İktisadi Gelişme ve Dokümantasyon Araştırma Merkezi
3.  İnsan Kaynakları Araştırma Merkezi
4.  İstatistik Araştırma Merkezi
5.  İşletme Yönetimi ve Muhasebe Araştırma Merkezi
6.  Maliye Araştırma Merkezi
7.  Metedoloji ve Sosyoloji Araştırma Merkezi
8.  Siyaset ve Uluslararası İlişkiler Araştırma Merkezi
9.  Türk İktisat ve İçtimaiyat Tarihi Araştırma Merkezi
10.  Türkiye Avrupa ve Ortadoğu Ekonomik İlişkiler Araştırma Merkezi