GC/MS, GC (Gaz Kromatografi) ve MS (Kütle Spektrometresi) ünitelerinin birlikte çalıştırılarak yapı aydınlatması ve miktar tayininde kullanılan bir cihazdır. Cihaz GC ve GC/MS ünitesi olarak kullanılabilir.
GC Ünitesi : Finnigan Trace GC Ultra, injeksiyon, kolon, dedektör, kolon fırını ve autosampler olmak üzere beş kısımdan oluşmaktadır.

İnjeksiyon : S/SL(Spilt/Splitless) ve PTV(Programmable Temperature Vaporizer) olmak üzere iki kısımdan oluşur. S/SL injektörün uygulanması kolona etkin olarak örnek transferini sağlar. PTV injeksiyon ise split veya splitless çalışmada enjeksiyon boyunca sıcaklığın değişmesini sağlar.
Kolon : Kolonlar örneğin kromatografik ayrımının meydana geldiği yerlerdir. Değişik uygulamala için farklı tipte ve uzunlukta kolonlar kullanılır.
Dedektör : FID(Flame Ionization Dedector) ve TCD(Thermal Conductivity Dedector) olmak üzere iki dedektör sistemi mevcuttur. FID; stabilite ve denemelerdeki tekrarlanabilirliliğin yüksek oluşu nedeniyle en çok tercih edilen dedektör tipidir. TCD ise CO2, CS2, H2O, H2 ve N2 gibi FID’ye duyarlı olmayan bileşikler için kullanılır.
Fırın : Kolon fırını yüksek ısıl kararlılık, hızlı ısıtma soğutma ve hava sirkülasyonu ile homojen bir sıcaklık dağılımı sağlar. Böylece analizin performansı ve kromatografik piklerin doğruluğu artar.
Autosampler : Finnigan Trace GC Ultra cihazında AS 3000 Sıvı Autosampler ve HS 2000 Headspace Autosampler kısımları mevcuttur.
MS Ünitesi : Finnigan Trace DSQ, EI (Elektron İyonizasyonu) ve CI(Kimyasal İyonizasyon) olmak üzere iki adet iyonlaştırma modu içerir. Kütle aralığı 1-1050 u’dur.
· EI (Elektron İyonizasyonu) : Basit ve en çok kullanılan iyonizasyon tipidir. Fragmanlar elektronların çarpmasıyla elde edilir. EI modunda kütüphane taraması yapılabilir.
· CI (Kimyasal İyonizasyon) : CI modunda molekülü iyonlaştırmak için “reagent” denilen çeşitli gazlar kullanılır(Amonyak, metan, isobütan gibi). Kaynaktan geçmekte olan ısıl elektronlar bu gazlarları iyonlaştırırlar. Oluşan iyonlar nötral molekülle çarpışarak hidrojen transferini sağlar. Bu proses “reagent” gaz analit molekülüyle çarpıştıkça devam eder. CI modunda molekül ağırlığı tayini yapılabilir.