Büyük Çekmece ve Küçük Çekmece Göllerinde Bazı Ostrakod Türlerinde ITS,
Mitokondiriyal DNA ve 18 s ribozomal RNA analizine dayalı moleküler filogeni
Bu çalışma sonucunda Büyükçekmece ve Küçükçekmece göllerinden elde edilecek ostrakod türlerinden elde edilecek genomik DNA örneklerinden; ITS (Internal Transcribed Spacer ), mitokondrial COI ve 18S ribozomal RNA genini kodlayan DNA dizileri, yapılmış çalışmalardan elde edilen veriler referans alınarak, bu bölgedeki değişimlere göre filogenetik ağaçları çizlilecektir. Bu amaçla izlenecek yöntem canlıdan DNA izole edilerek, PZR metoduyla spesifik DNA çoğaltımı gerçekleştirilecek ve çoğaltılmış DNA parçalarının dizilimi yapılarak gerekli biyoinformatik araçlar, (Bioedit, MEGA, Network, TreeView, PAUP PHYLIP) kullanılarak filogenetik ağaç çıkarımı tamamlanacaktır. Dolayısıyla türler arasındaki akrabalık ilişkileri direkt olarak ortaya konulacak ve morfolojik verilerle elde edilen bilgiler karşılaştırılarak, uyumları ortaya konulacaktır.
Bu çalışma ile Crustacea filumuna ilişkin ülkemizde ilk moleküler çalışmalara başlanacaktır. yukarıda ifade edilen proje farklı merkezli sistematik zoolog ve moleküler biyolog bilim insanlarınca yürütülecektir.
Yrd. Doç.Dr. Cüneyt Kubanç'ın yürütücülüğünde ilerleyecek olan proje Marmara Üniversitesi Öğretim üyelerininde iştirakını almış olan multidisipliner bir çalışmadır. Bu projeyle birlikte Fakültemiz Biyoloji Bölümü Zooloji Anabilim Dalı içersinde, BAP desteği ile, ilk defa Filogenetik ve sistematik zooloji üzerine çalışacak temel araştırma niteliklerine sahip bir Moleküler Biyoloji laboratuarı kurulmuştur.
Araştırmalar:
1. Bu laboratuvarda çalışılacak zoolojik türlerin, nuklear(genomik) ITS(Internal Transcribed Spacer ),mitokondrial COI geninin DNA dizileri referans alınarak ve bu bölgedeki değişimler göz önünde bulundurularak filogenetik ağaçları çizlilecek,dolayısıyla türler arasındaki akrabalık ilişkileri direkt olarak ortaya koyulacaktır ve geleneksel sistematik verilerle elde edilen bilgilerin karşılaştırılması yapılarak uyumlukları ortaya konacaktır.
2. Sistematik yapısı tam olarak bilinmeyen veya tür tayininde çelişkiler olan türlerin moleküler verilerle incelenmesi( genom analizi ) ve teşhisi.(Genetik kaynaklarımızın morfojik ve moleküler tanımlama çalışmaları) Dna dizilenmesi hiç yapılmamış bazı türler için ilk olmak.
3. Öncelikle Crustacea genetik çalışmaları altında, Ostracoda türleri arasında ve tür içi bireylere özgü polimorfik dizileri belirlemek.
4. Ülkemiz biyoçeşitliliği envanteri kapsamında, biyoinformatik araçların kullanımı ile biyoçeşitliliğimizin saptanması ve biyocoğrafik, filocoğrafik kapsamında izlenmesi bazında katkıda bulunmak.
5. Ülkemizi, aquatik habitatların biyoçeşitlilini ve doğal ekosistemlerini etkin şekilde koruyan bir ülke konumuna getirmek amacıyla, genom bazında katkıda bulunmak.
6. Sistematik çalışmalarda günümüzde tüm çalışmalar moleküler alana kaymaktadır. Hatta bir türün yeni bir tür olduğunun ifadesinde morfolojik veriler artık 2. sırayı almış durumdadır. Bu durum Morfolojiye dayalı sistematik zooloji yayınlarının kabulünü son derece zorlaştırmakta konu üzerine hep şüpheyle yaklaşılmaktadır, hatta yakın türlerde durum içinden çıkılmaz bir hal almaktadır. Sonuç olarak sistematik Zooloji programları Moleküler araştırmalar ile desteklenmek zorunda kalmaktadır. Bu nedenle Sistematik Zooloji programlarını çağımız teknolojisine uyumlu hale getirebilmek için. Moleküler laboratuvarının gerekliliği kaçınılmaz bir hal almıştır. Kurulan bu laboratuarla Üniversitemizde Sistematik Zoolojideki bu geçiş kısmen gerçekleştirilmiştir.
7. Türkiye genomuna katkıda bulunmak ve ostrakot alanında Türkiyede bu çalışmalara öncülük etmek.
8. Üniversitemiz ile diğer Üniversiteler arasında, aynı alanda yapılacak çalışmalarda iştirak sahibi olabilmak için laboratuarımız imkanlarından faydalanmak ve multidisipliner çalışma sahaları açmak.
9. Kurulmuş olan bu laboratuarımızın var olan ekipmanlarına ilaveler yapmak ve üniversitemize yeni katkılar sağlayabilmek amacıyla, laboratuarımızın temel teşkil ettiği yeni projelerin farklı merkezlerden temini.
|
