1996 yılında Prof.Dr. Nurettin Meriç'in önderliğinde kurulan ve deniz balıkları, tatlı su balıkları ile deniz omurgasızlarının korunduğu bilimsel bir müzedir.

Türkiye denizlerinden toplanan ve Prof.Dr. Necla Demir tarafından tayinleri yapılan çok sayıda türe ait İhtiyoplankton kolleksiyonu müzede korunmaktadır.

Müzeye hibe edilen, merhum Avukat İsmet Tümtürk'ün dünya denizlerine ait Gastropod-Bivalv Kolleksiyonu da sergilenmektedir. Denizel bentik omurgasızlar ve alglere ait örnekler mevcuttur.

İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Hidrobiyoloji Müzesi balık koleksiyonunda Türkiye deniz ve iç sularından toplanmış 105 familyaya ait 335 adet balık türünün örnekleri bulunmaktadır. Kavanozlara ve kuru örneklere tek tek katalog numarası verilmiştir. Koleksiyondaki tüm örnekler incelenerek, türlerin ait olduğu familya, birey sayısı, yakalandığı yer, mevkii, tarih, derinlik, alet, dolap ve raf numaraları bilgisayar ortamındaki veri tabanı programına aktarılmıştır. Müzede bulunan balık türlerinin 2 adedi Cephalaspidomorphi (Çenesiz Balıklar), 30 adedi Chondrichthyes (Kıkırdaklı Balıklar) ve 303 adedi de Osteichthyes (Kemikli Balıklar) klasisine aittir. Koleksiyonda toplam 2602 birey bulunmaktadır. Büyük bir kısmı etilalkol içinde muhafaza edilmekte olan örneklerin çok az miktardaki bir kısmı kurutulmuş olarak saklanmaktadır.

Bilimsel bir müze olan, İstanbul Üniversitesi Biyoloji Bölümü Hidrobiyoloji Müzesi'nde bulunan deniz ve iç sularımıza ait balık materyali, yurt içindeki ve dışındaki araştırıcıların hizmetine sunulmuştur.