İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü 2547 sayılı Yüksek Öğretim Kanunu ile 1982 yılında Fen ve Mühendislik dallarında lisansüstü öğretim yaptırmak üzere kurulmuştur. Enstitümüz, 1983-84’de Matematik, Fizik, Astronomi ve Uzay Bilimleri, Biyoloji, Kimya, Kimya Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği, Jeofizik Mühendisliği, Orman Mühendisliği, Orman Endüstri Mühendisliği Anabilim Dallarından oluşan bir yüksek öğretim kurumu iken 1986-87’de Su Ürünleri Mühendisliği Anabilim Dalı; 1989-90’da Elektronik Mühendisliği Anabilim Dalı; 1990-91’de Makine Mühendisliği, Endüstri Mühendisliği, Bilgisayar Bilimleri Mühendisliği, Çevre Mühendisliği, Peyzaj Mimarlığı Anabilim Dalları; 1991-92’de Elektrik-Elektronik Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Maden Mühendisliği, Metalurji Mühendisliği, Deniz Ulaştırma ve İşletme Mühendisliği Anabilim Dalları; 1992-93’de Çevre Bilimleri, Savunma Teknolojileri Anabilim Dalları;1993-94’de Biyomedikal Mühendisliği Anabilim Dalının yanısıra Su Ürünleri Temel Bilimleri, Su Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi, Su Ürünleri Yetiştiriciliği Anabilim Dalları; 2000-2001 Öğretim yılı bahar yarıyılından itibaren Ortaöğretim Alan Öğretmenliği alanında Fizik Öğretmenliği, Kimya Öğretmenliği, Matematik Öğretmenliği ve Biyoloji Öğretmenliği bölümlerinde tezsiz yüksek lisans; 2000-2001 ‘de Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı ile 2003-2004’de Enformatik Anabilim Dalı öğretime açılmıştır. Öğretim, Üniversitenin Mühendislik Fakültesi, Fen Fakültesi, Orman Fakültesi, Su Ürünleri Fakültesi ile Hasan Ali Yücel Eğitim Fakültesinde yürütülmektedir. Bilim hayatına araştırıcı ve akademik personel yetiştirmek üzere hizmet veren Enstitümüz bugün 31 Anabilim dalında öğretim faaliyetini sürdürmektedir.

Enstitünün organları, Enstitü Müdürü, Enstitü Kurulu ve Enstitü Yönetim Kuruludur.


Enstitü, Beyazıt Kampüsünde Bozdoğan Kemeri Caddesi üzerinde Tarihi bir Konakta hizmet vermektedir.