İstanbul Üniversitesi Çocuk Sağlığı Enstitüsü'nün akademik çalışmaları ve uygulamaları, çocuk sağlığı alanında lisansüstü düzeyde eğitim etkinlikleri, çocuk sağlığı sorunlarının çözümüne katkıyı amaçlayan bilimsel araştırma yürütmek, koruyucu sağlık hizmetleri başta olmak üzere pediatrinin çeşitli dallarında sağlık hizmetleri vermek ilkelerine dayalıdır.

İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü'ne bağlı olarak, 1982 yılında 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun 3. ve 12. Maddeleri gereğince 47 sayılı Kanun hükmünde kararname ile kurulan Çocuk Sağlığı Enstitüsü, tüzel kişiliği olan bir kuruluştur. Enstitü, kuruluşundan beri İstanbul Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim dalı ile birlikte personel ve hizmet ayrımı gözetilmeksizin servis, laboratuvar, dershane kütüphane ve poliklinik çalışmalarını ortaklaşa olarak aynı yerde yürütmektedir. 1994 yılından bu yana da İstanbul Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı ile işbirliği içinde Kadın ve Çocuk Sağlığı Eğitim ve Araştırma Birimi'nde eğitim, araştırma ve sağlık hizmeti sunmaktadır.

Enstitüde tıpta uzmanlık öğrencileri, çocuk hastalıkları uzmanı, yandal uzmanlarının yanı sıra halk sağlığı, ruh sağlığı, demografi, sosyoloji, antropoloji, pedagoji ve beslenme, biyoistatistik, biyokimya, biyoloji, moleküler genetik ve fizyoterapi disiplinlerinde elemanlar çalışmaktadır.

Enstitüde Ana – Çocuk Sağlığı, Çocuk Nörolojisi, Çocuk Beslenmesi, Çocuk Metabolizması, Tıbbi Genetik, Oksoloji, Neonotoloji, Çocuk Nefrolojisi, İnfeksiyon Hastalıkları, Acil Pediatri ve Pediatrik Hematoloji-Onkoloji alanlarında yüksek lisans ve Tıbbi Genetik ve Sosyal Pediatri dalında doktora eğitimi verilmektedir.

Enstitü’nün değişik programlarından 160 yüksek lisans öğrencisi mezun edilmiş, halen 22 öğrenci eğitimini sürdürmektedir.