Merkez, fakültemiz eski dekanı ve eskiçağ tarihi profesörlerinden Dr. Afif Erzen tarafından 1969 yılında Edirne'de ENSTİTÜ olarak kurulmuş ve 1982 yılında Selimiye Camii'nin arkasında bulunan bir alanda inşa edilen yeni binasına taşınmıştır. Prof. Dr. Afif Erzen enstitü müdürü sıfatıyla Meriç deltasında bulunan Ainos antik kenti kazılarını enstitünün bir faaliyeti olarak sürdürmüştür. Prof. Dr. Afif Erzen'den sonra müdürlük görevini, Prof. Dr. Semavi Eyice daha sonra Prof. Dr. Ali İhsan Gencer yerine getirmiştir. Daha sonraki yıllarda araştırma merkezine dönüşen bu kurum, Güneydoğu Avrupa Araştırmaları Dergisi adı altında bir de dergi çıkarmaktadır. Bu günlerde 13. sayısı baskıda olan bu dergide merkezin faaliyet alanına giren eskiçağ, ortaçağ, yeniçağ ve yakınçağ tarihi, sanat tarihi, eskiçağ ve ortaçağ arkeolojisi ile coğrafya, dilbilim, Doğu Avrupa ve Balkan kültürleri araştırmalarına ilişkin ulusal ve uluslararası düzeyde makaleler yayınlanmaktadır.